El ambiente interior de la cueva es relativamente húmedo, como ocurre con todas las cavernas del trópico. Su temperatura media es de 19 grados centígrados, es muy estable la largo de todo el año. En condiciones naturales, el 70% del espacio es de total oscuridad, mientras que el 20% esta en penumbras y solamente el 10% correspondiente a sus 6 entradas naturales recibe luz solar, estas entradas permiten una parmente aeración del interior de la cueva, permitiendo con ella la estabilidad de la temperatura.
CONCREACIONES EN LA CUEVA DE LAS MARAVILLAS:
Las concreaciones son la acumulación de carbonato de calcio que se deposita muy lentamente en distintos puntos de la cueva: en el techo, en el piso, en las paredes y en las pequeñas oquedades. Esas concreciones en cenitales, si se originan en el techo, como la estalactitas; pavimentarías, si se originan en el piso como la estalagmitas; y parietales, si se originan en las paredes, como las coladas. Si este fenómeno ocurre a determinada altura de las paredes de la cueva, entonces no se formara ni estalactitas ni estalagmitas, ni columnas ni colgaduras, sino coladas y como siempre terminan en forma punta redondeadas y la estalagmita se ensanchan a medida que crecen, la gente las confunde con vírgenes y santos cubiertos por mantos.
En algunos puntos de la Cueva de las Maravillas, como al final de la galería de las pictografías y sobre el Espejo de Agua, podemos ver los que se llaman techos estalacticos, formados por decenas de estalactitas apretujadas entre si.
PICTOGRAFÍAS Y PETROGLÍFOS:
La Cueva de las Maravillas cuenta con 20 petroglifos –grabados sobre roca –dispersos en varios de sus sitios iluminados por el sol. Todos de aspecto antropomorfo- forma humana, por lo regular hechos sobre formaciones secundarias de la Cueva, tales como coladas, columnas o estalactitas. Pero también cuenta con excepciones, como son los petroglifos internos.
Las pictografías de la Cueva de las Maravillas suman 472, clasificándose según su aspecto: 135 pictografías antropomorfas (de aspecto humano), 18 zoomorfas (de aspecto animal), 41 antropozoomorfas (de aspecto humano-animal), 18 geométricas (formadas por líneas, ángulos, círculos, etc.),
38 antropogeométricas (de combinaciones humanas y geométricas), 9 espirituales (con aspecto humano incorpóreo o inmateriales), 1 zoogeométrica (de combinación animal geométrica), 3 fitomorfas (de aspecto Vegetal), 6 antropofitomorfa (de aspecto combinado humano y vegetal), 144 enigmáticas (de aspecto abstracto) y 69 en agrupaciones de puntos.
Algunas de las pictografías de esta cueva han sido asociadas a extraterrestre por estudiosos que dan seguimiento a la huella supuestamente dejada por visitantes de otros planetas cuya presencia impresiono a los primeros habitantes de nuestro mundo.
En realidad todo parece indicar que la Cueva de las Maravillas estuvo dedicada principalmente al culto mortuorio, esto así no solamente por depósitos funerarios encontrados por los primeros visitantes y estudiosos de la cueva, sino también por la numerosa presencia en sus paredes de animales relacionados con el culto de la muerte.
Incluso, la cerámica encontrada durante las recientes excavaciones arqueológicas en el interior de la Las Maravillas II (como hemos llamado la galería superior que sirve de centro de recepción), coinciden representar al murciélago como motivo decorativo para vasijas destinadas a ofrendas funerarias, lo que identifica a la cerámica encontrada con buena parte del arte rupestre de la cueva
EL ESPEJO DE AGUA:
Entre las formaciones rocosas mas curiosas están las geodas. Rocas relativamente redondas en cuyo hueco interior se desarrolla una especie de pequeño mundo de cristales.
Un efecto similar es lo que se ha buscado con esta muestra: el «Espejo de Agua», que ayudado por las luces nos hace sentir como en el interior de la geoda, rodeados por todas partes de espeleotemas.
FAUNA DE LA CUEVA:
La fauna de la Cueva de las Maravillas, como ocurre con todas las Cuevas esta determinada por varios factores naturales fundamentales: presencia de vegetación en su entorno, temperatura, humedad y habitación de murciélagos en su interior. Los murciélagos son responsables de la introducción de energía a las Cuevas luego de que estas son abandonadas por las aguas: crean un suelo mediante la acumulación de excrementos conocido como murcielaguina o guano, en donde se desarrollan decenas de otras especies de animales principalmente minúsculos invertebrados. Los murciélagos presentes aquí el Macrotus Waterhousii y el Artibeus Jamaicensis.
En la zona en penumbra de la Cueva se identificaron dos especies de culebras: Tropidophis haetianus y Epicrantes striatus. También se localizo un ejemplar de la familia Amphisbaenidae, una especie de lagartija sin patas.
En la entrada de la Cueva de las Maravillas abundan los animales que prefieren el frescor que emana de la Cueva, tanto aves como lagartos, insectos. Entre los lagartos más notables (y de hábito nocturno) encontramos un ejemplar de la familia Gekkonidae.