Las primeras informaciones que se tiene sobre esta cueva datan de 1926, cuando fue encontrada por un grupo de exploradores jóvenes oriundos de San Pedro de Macorís. Para esa época la cueva de las Maravillas era una cavidad a la que solamente tenían acceso franco los murciélagos, los cerdos cimarrones y otros animales del entorno.
El 2 de octubre de 1949, atendiendo el reporte de dos estudiantes de San Pedro de Macorís, el profesor Francisco RIchiez Acevedo (Jefe Scout Nacional) organizo una expedición a la cueva, conocida en ese entonces como las Cuevas del Jaguar. La expedición estuvo compuesta por doce personas, a las que se sumo el señor Pablo Alfaro Córdoba, enviado por el Museo Nacional.
Como resultado de esa expedición el profesor Richiez Acevedo redacto el primer reporte sobre aspectos espeleológicos y arqueológicos de las Cuevas del Jagual. Este reporte fue enviado al Museo Nacional, anexándole los dibujos de 28 o 30 de las pictografías de la Cueva hecho por Alfaro Córdoba. El reporte además sugería que la cueva se llamara en lo adelante Cueva de las Maravillas, como se le llama desde ese día.
El informe preparado por el profesor Richiez Acevedo despertó interés sobre la Cueva, pero principalmente sobre la murcielaguina que se encontraba en su interior, considerada de importancia económica para la época en su calidad de Abono Orgánico. En lo adelante , la cueva seria explotada para la extracción del guano de murciélago, explotación que se mantuvo hasta principio de los años 60 y que ocasionó la perdida de la mayor parte del material arqueológico que se encontraba en su interior, aunque no de sus pinturas.
Por el año 1968 lo doctores Fernando Moraban Laucer, Rafael Case Acta, Manuel de Jesús Mañón Arredondo Y Luis Chanlatte Baik, realizaron las primeras investigaciones arqueológicas de la Cueva de Las Maravillas. Se encontraron algunos esqueletos incompletos depositados sin enterrar en la cornisa baja en la sala principal de la caverna. Dichos depósitos estuvieron precedidos de rituales moratorios indígenas que incluían la colocación de ofrendas de comida, agua y objetos personales de la persona muerta.
Lamentablemente todos esos objetos desaparecieron en los primeros años de acceso de monteros y buscadores de murcielaguina.
La presencia de pinturas, grabados y alto-relieves hechos en arcilla sobre paredes fue reconocida luego como uno de los hallazgos mas importantes de la rupestrología dominicana, convirtiéndose la Cueva de las Maravillas en un referente obligatorio de todos los trabajos sobre arte rupestre indígena del Caribe, sin embargo el abandono, las visitas no controladas, y la consecuente destrucción de formas y pinturas, amenazaban con disminuir severamente el valor prehistórico y turístico de la cueva, por esa razón la Secretaria de Estado de Medio Ambiente y Recursos Naturales la eligió para habilitarla como modelo de manejo y conservación de un ecosistema subterráneo de gran interés natural y cultural.